El pingüino de penacho amarillo es un animal carnívoro que, como todas las demás especies de pingüinos, sobrevive con una dieta que solo está compuesta de animales marinos. El krill y los pequeños crustáceos constituyen la mayor parte de su dieta junto con animales más grandes como el calamar y varias especies de peces. Estos pingüinos pueden estar en el mar durante varios días mientras cazan su comida.

El pingüino de penacho amarillo no tiene depredadores naturales en la tierra debido al hecho de que habitan en ambientes bastante duros e inhabitables para otros animales. Las grandes focas leopardo junto con grandes tiburones y ballenas asesinas cazan a este pingüino en el agua. La población de pingüinos de penacho amarillo también se ha visto seriamente afectada por la caza humana, y se ven fácilmente afectados por los cambios en el agua a causa de derrames de petróleo y contaminantes químicos.