Las esponjas son animales omnívoros que obtienen su nutrición de las partículas de alimentos en el agua. Las esponjas se alimentan principalmente de bacterias y fitoplancton. Se sabe que varias especies de esponjas tienen una dieta más carnívora, comen pequeños peces y crustáceos en los arrecifes.

Debido a la abundancia y variedad de esponjas, son atacadas por muchos animales. El hecho de que las esponjas se muevan tan lentamente, si es que lo hacen, significa que no pueden evitar que se las coman. Las tortugas marinas, crustáceos, peces y equinodermos se alimentan de esponjas.