John Harrison nació el 3 de abril de 1693 (algunos dicen marzo de 1693) en Foulby, cerca de Wakefield en West Yorkshire, Inglaterra y creció en Barrow, en Lincolnshire.

Cuando era niño, contrajo la viruela y sus padres le dieron un reloj para jugar mientras se recuperaba. Esto inculcó su fascinación de por vida con los cronometradores.

Su padre era carpintero y le enseñó el oficio familiar, y Harrison combinó esas técnicas con sus habilidades autodidactas para hacer relojes. De hecho, construyó su primer reloj longcham en 1713 con un mecanismo hecho completamente de madera.

Harrison a menudo trabajaba con su hermano James, uno de sus primeros proyectos importantes fue un reloj de torreta para los establos en el parque Brocklesby. Este reloj sirvió de base para el primer reloj marino de Harrison.

Harrison pasó la mayor parte de su vida adulta creando y perfeccionando su «reloj marino«, una solución que eludió a otras grandes mentes del momento, como Galileo Galilei y Sir Isaac Newton.