Boca Juniors ganó la primera Copa Argentina de la historia. Jugó la final contra el Club Atlético Atalanta, imponiéndose por 3 a 1 en el partido de ida y 0 a 1 en el partido de vuelta. La sede de la final fue el Estadio El Gasómetro en Buenos Aires.

La Copa Argentina se jugó entre febrero de 1969 y julio de 1969. El torneo se jugó como una competencia de eliminatorias, con la participación de 32 equipos; 19 de la Primera División, 1 de la Primera B y 12 de las Ligas Regionales.