Históricamente, los orangutanes de Tapanuli han estado bajo la amenaza de ser cazados por depredadores más grandes, como los tigres de Sumatra y las grandes serpientes.

Sin embargo, con la deforestación que causa una pérdida severa de hábitat en toda la región, la población de estos grandes depredadores ha disminuido drásticamente. Los humanos son la mayor amenaza para los orangutanes de Tapanuli, ya que desde su llegada a Sumatra, los han cazado para obtener carne.

Con el interés de los zoológicos de todo el mundo en exhibir animales exóticos, la amenaza para los orangutanes de Tapanuli pasó de ser animales cazados por carne a ser capturados para ser vendidos en el mercado.

Aunque la captura ilegal de ellos continúa, la mayor amenaza para los orangutanes de Tapanuli es la pérdida de hábitat causada por la deforestación.