El agua está contaminada por una amplia variedad de productos, que se pueden dividir en: agentes químicos, agentes físicos y agentes biológicos.

Agentes químicos: las formas de contaminación química cambian la composición del agua y reaccionan con ella. Los agentes químicos pueden ser orgánicos o inorgánicos.
Orgánicos: grasas, proteínas, carbohidratos, ceras, solventes, entre otros.
Inorgánicos: alcoholes, ácidos, sales solubles o inertes.

Agentes físicos: a diferencia de los agentes químicos de contaminación, los agentes físicos no reaccionan con el agua sino que afectan negativamente la vida del ecosistema. Los agentes físicos implican radiactividad, calor y el cambio del sistema de la tierra a través de movimientos de tierra o similares. Fenómenos naturales como algas, terremotos, erupciones volcánicas y otros son algunas de las causas del cambio en la calidad del agua y su condición en el ecosistema.

Agentes biológicos: algunos microorganismos, extraños a ese ecosistema, que se encuentran en el agua pueden causar problemas a la salud humana. Estos microorganismos se dividen en microscópicos (virus, algas, protozoos, helmintos y bacterias) y macroscópicos (plantas y animales que no pertenecen a ese hábitat natural).

Los principales contaminantes del agua son:

• Sustancias tóxicas.
• Partículas sólidas.
• Sustancias radiactivas.
• Agentes patógenos.
• Elementos con exceso de CO₂.
• Compuestos orgánicos biodegradables.