Las ascidias se alimentan principalmente del plancton y los nutrientes en el agua junto con algas. Muchas de las especies más grandes de ascidias tienen apéndices en forma de tentáculos que atrapan partículas de alimentos cuando pasan flotando. Algunas especies realmente grandes se encuentran en las profundidades del océano, incluso se sabe que atrapan e ingieren animales pequeños, incluyendo peces y medusas.

Los caracoles, crustáceos y anguilas son los depredadores más comunes de las ascidias junto con algunas especies de peces más grandes.