La mayor parte del país es una sabana de pastizales. Burundi es uno de los países más erosionados y deforestados en toda África tropical. De los árboles restantes, los más comunes son eucaliptos, acacias, higos y palmas de aceite a lo largo de las orillas de los lagos. Hay más de 2500 especies de plantas.

La vida silvestre era abundante antes de que la región se convirtiera en agrícola. Todavía se encuentran elefantes, hipopótamos, cocodrilos, el jabalíes, leones, antílopes y lémures, así como aves de caza como la gallina de Guinea, la perdiz, el pato, el ganso y la codorniz. Se han reportado unas 451 especies de aves reproductoras. La grulla coronada es prevalente. A medida que la región se vuelve más densamente poblada, algunas especies están disminuyendo o desapareciendo.

En el lago Tanganica hay una gran variedad de peces, incluida la perca del Nilo, las sardinas de agua dulce y los raros especímenes tropicales. La mayoría de las 133 especies de peces del lago Tanganica no se encuentran en otra parte del mundo.