Se estima que el 66% de la población son cristianos, de los cuales aproximadamente el 28% pertenece a la iglesia católica romana y el 38% pertenece a iglesias protestantes. Alrededor del 7% son musulmanes, y muchos viven en la provincia nororiental, la provincia costera y la región norteña de la provincia oriental. Aproximadamente el 1% son hindúes y el resto practica religiones tradicionales o ramas locales del cristianismo. Al igual que en otros estados africanos con historias religiosas complejas y cierta renovación de la autoconciencia cultural, es probable que la mayoría de los kenianos étnicos también tengan algunas creencias africanas tradicionales.

La constitución actual contempla la libertad de religión y este derecho es generalmente respetado en la práctica. Ciertas fiestas musulmanas y cristianas se celebran como fiestas nacionales.