Los misioneros europeos introdujeron el cristianismo en Ruanda a finales del siglo XIX. Un estudio de principios del siglo XXI indicó que alrededor del 94% de la población eran cristianos, 50% católicos y 44% protestantes. Los musulmanes representaban alrededor del 5% de la población total y alrededor del 2% no profesaban ninguna religión. Un pequeño número de personas practica las religiones indígenas exclusivamente, pero se cree que muchos adherentes de otras religiones incorporan elementos tradicionales en su propia práctica. Estos elementos incluyen la creencia en un ser supremo, Imaana, y en una serie de deidades menores, que pueden comunicarse con los espíritus de los antepasados. Hay pequeños grupos de bahá’ís e hindúes.

La constitución permite la libertad de religión; sin embargo, algunos grupos han informado restricciones y discriminación por parte de algunas autoridades gubernamentales locales. Ciertas fiestas cristianas y musulmanas se celebran como fiestas nacionales.