Según un censo de principios del siglo XXI aproximadamente el 88% de los habitantes eran adeptos al Islam, el 6% eran protestantes, el 3% eran católicos romanos, el 2% eran hindúes, el 1% eran budistas y el 0,2% seguían otras religiones.

La mayoría de los musulmanes son sunitas, pero también están representadas las ramas chiítas, amadhiyah y sufí. También hay pequeños grupos islamistas mesiánicos como Darul Argam, Jamaah Salamulla y Negara Islam Indonesia. La comunidad musulmana principal está dividida en modernistas (que abrazan el aprendizaje moderno pero se adhieren a la teología ortodoxa de las escrituras) y tradicionalistas (que generalmente son seguidores de eruditos religiosos carismáticos). Muchos modernistas pertenecen a una organización social conocida como Muhammadiyah. Los tradicionalistas pertenecen a Nahdlatul. Las mayorías musulmanas se encuentran en Java, Sumatra, Kalimantan, West Nusa Tenggara, Sulawesi y North Maluku.

La constitución establece la libertad de culto, pero ha habido algunas restricciones a la práctica religiosa. Sólo cinco religiones están oficialmente reconocidas por el Ministerio de Asuntos Religiosos: el islam, el catolicismo, el protestantismo, el budismo y el hinduismo. Ciertas fiestas hindúes, musulmanas, cristianas y budistas se observan como fiestas nacionales.