Más del 90% de la población pertenece a una de las dos denominaciones ortodoxas: la iglesia ortodoxa moldava o la iglesia de Besarabia. Alrededor del 4% de la población pertenece a la Iglesia ortodoxa de Rusia. Otras denominaciones cristianas incluyen católicos romanos, bautistas, pentecostales, adventistas del séptimo día, testigos de Jehová, luteranos, presbiterianos y mormones. La comunidad judía tiene alrededor de 30.000 miembros. También hay comunidades de musulmanes y bahá’ís. Aunque no existe una religión estatal, la Iglesia ortodoxa moldava tiene un estatus privilegiado con el estado y el gobierno impone algunas restricciones a los grupos religiosos que no están registrados oficialmente. Por ejemplo, los grupos no registrados no tienen permitido construir iglesias.