Alrededor del 66% de la población son nominalmente ortodoxos macedonios, otro 30% son musulmanes, el 1% son católicos romanos y aproximadamente el 3% pertenecen a otras religiones. Las otras religiones son en su mayoría varias denominaciones protestantes. El Islam se practica comúnmente entre los albaneses étnicos que viven principalmente en la parte occidental del país y en la capital de Skopje. La comunidad católica romana se centra en Skopje, al igual que una pequeña comunidad judía.

Aunque la constitución permite la libertad religiosa, el gobierno impone algunas restricciones a los grupos religiosos relacionados con el establecimiento de lugares de culto y la recaudación de donaciones monetarias.