La diferencia clave entre HPLC y GC es que HPLC utiliza una fase estacionaria sólida y una fase móvil líquida, mientras que GC utiliza una fase estacionaria líquida y una fase móvil gaseosa.

HPLC y GC son ambos métodos de separación de compuestos de una mezcla. Mientras que HPLC se refiere a la cromatografía líquida de alta presión, GC es simplemente cromatografía de gases. Por lo tanto, la HPLC se aplica a los constituyentes que son fluidos, pero la GC es útil cuando los compuestos son gaseosos o los compuestos que se vaporizan durante el proceso de separación. Sin embargo, ambos tienen el mismo principio subyacente de que las moléculas pesadas fluyen más lentamente que las más ligeras.

Además, otra diferencia entre HPLC y GC es que la HPLC y la mayoría de las otras técnicas cromatográficas no requieren estrategias de control de temperatura, mientras que el GC necesita que su columna esté ubicada dentro de un horno para mantener la fase móvil gaseosa tal como está. Aparte de eso, podemos señalar una diferencia entre HPLC y GC según su aplicación. La HPLC es una técnica útil para la separación de fluidos, mientras que la GC es útil para separar los componentes en mezclas gaseosas.