El cristianismo fue introducido en Estonia en el siglo XI. Durante la Reforma el país se convirtió en gran parte al luteranismo, aunque los acontecimientos políticos en los siglos XVIII y XIX ocasionaron una fuerte presencia ortodoxa rusa. La independencia de la Unión Soviética, lograda en 1991, alivió la presión bajo la cual los grupos religiosos habían estado desde 1940.

Aproximadamente hay 165 congregaciones de la Iglesia Evangélica Luterana de Estonia con unos 180.000 miembros. También hay cerca de 59 congregaciones de la Iglesia ortodoxa apostólica de Estonia (20.000 miembros) y 30 congregaciones de la Iglesia ortodoxa de Estonia (150.000 miembros). Mientras que los luteranos y los ortodoxos constituyen la mayoría, hay comunidades más pequeñas de bautistas, metodistas, católicos romanos, metodistas, testigos de Jehová, pentecostales y otras denominaciones cristianas. La Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días (mormones) tiene un número significativo de misioneros en el país. También hay comunidades judías, musulmanas y budistas, sin embargo, cada una de estas religiones minoritarias tiene menos de 6000 seguidores. Alrededor de 70.000 personas en el país afirman ser ateos.

La constitución establece la libertad de religión y este derecho es generalmente respetado en la práctica. Todas las organizaciones religiosas deben registrarse en el Departamento de Asuntos Religiosos del Ministerio del Interior. La instrucción religiosa ecuménica cristiana básica está disponible en las escuelas públicas como una clase electiva. Ciertas fiestas cristianas se observan como fiestas nacionales.