La tierra que ahora es Israel (que los romanos llamaron Judea y luego Palestina) es la cuna de dos de las grandes religiones del mundo, el judaísmo y el cristianismo. En las escrituras hebreas, la historia judía comienza con el viaje de Abraham de Mesopotamia a Canaán, al cual los descendientes de Abraham volverían más tarde después de su liberación de Moisés de la esclavitud en Egipto. Jerusalén es el sitio histórico del Primer Templo, construido por Salomón en el siglo X a. C. y destruido por los babilonios en el año 586 a. C., y el Segundo Templo, construido unos 70 años después y saqueado por los romanos en el 70 d. C. La creencia en la vida, enseñanzas, crucifixión y resurrección de Jesús de Nazaret (quien, según las escrituras cristianas, en realidad predicó en el Segundo Templo) es la base de la religión cristiana. Difundido por los seguidores inmediatos de Jesús y otros, el cristianismo se desarrolló desde una secta judía mesiánica hasta la religión establecida del Imperio Romano. Jerusalén también es santa para el Islam, La Cúpula de la Roca marca el sitio donde, según la tradición musulmana, Muhammad se elevó al cielo.
El Israel actual es el único país donde el judaísmo es la religión mayoritaria, profesada por el 80% de la población; más de una cuarta parte de todos los judíos del mundo viven allí. Sin embargo, alrededor de 300.000 de estos ciudadanos no califican como judíos bajo las definiciones del gobierno y/u ortodoxas. La mayoría en la población judía se describe a sí misma como judíos seculares o tradicionales. Alrededor del 4,5% son haredis (ultraortodoxos) y aproximadamente el 13% son ortodoxos. También hay varios adherentes que afirman su afiliación con las ramas conservadoras, reformistas y reconstruccionistas del judaísmo, pero estas no están oficialmente reconocidas.
Del 20% de la población no judía, el 80% son musulmanes, el 10% son cristianos y el 10% son drusos. La mayoría de los musulmanes son árabes. Los drusos, que se separaron del Islam en el siglo XI, tienen el estatus de una comunidad religiosa separada. La fe mundial bahá’í se centra en Haifa. Los cristianos son en su mayoría católicos griegos u ortodoxos griegos, pero también hay católicos romanos, armenios y protestantes.
La libertad de religión está garantizada. El Ministerio de Asuntos Religiosos asiste a las instituciones de cada afiliación y contribuye a la conservación y reparación de sus santuarios sagrados, que están protegidos por el gobierno y se ponen a disposición de los peregrinos.