Aproximadamente el 50% de la población practica el sintoísmo y el 44% practica el budismo. Sin embargo, las identidades religiosas no se excluyen mutuamente, y muchos japoneses mantienen afiliaciones tanto con un templo budista como con un santuario sintoísta.

El sintoísmo, originalmente preocupado por el culto a los espíritus de la naturaleza, creció bajo la influencia del confucianismo chino para incluir el culto de la familia y los antepasados ​​imperiales, y de este modo proporcionó la base de la estructura social japonesa. El sintoísmo se convirtió en un instrumento del nacionalismo después de 1868, ya que el gobierno lo patrocinó y subvencionó oficialmente, lo que exigió que se enseñara en las escuelas y que todos los japoneses pertenecieran a un santuario estatal de sintoísmo. Después de la Segunda Guerra Mundial, el sintoísmo fue abolido como una religión del estado, y el emperador emitió una prescripción imperial negando el origen divino. Hoy en día, el sintoísmo existe como una organización religiosa privada.

El budismo es considerado por algunos como la religión más importante en Japón. Introducido a través de China y Corea alrededor del año 552, el budismo se extendió rápidamente por todo Japón y ha tenido una influencia considerable en sus instituciones sociales.

Las religiones designadas como otras son practicadas por aproximadamente el 6% de la población (incluido el 1% que practica el cristianismo). Otras creencias que se fundaron en Japón incluyen el Tenrikyo, Seichounoie, Perfect Liberty, Sekai Kyusei Kyo y Risho Koseikai. El cristianismo, introducido en Japón por el jesuita San Francisco Javier en 1549, fue alentado por los señores feudales, pero luego fue prohibido en 1613, a menudo bajo pena de muerte.