El país fue testigo de una amplia supresión de las actividades religiosas durante el período soviético. El censo de principios del siglo XXI indicó que aproximadamente el 79% de la población era nominalmente católica romana. La siguiente denominación más grande, la Iglesia Ortodoxa Rusa, representó alrededor del 4% de la población. Alrededor del 10% de la población afirmó no tener afiliación religiosa.

Lituania es uno de los pocos países en tener una comunidad activa de karaítas. La fe es una rama del judaísmo, con principios basados ​​exclusivamente en una interpretación literal de las escrituras hebreas. Los karaítas tienen dos centros de culto en el país, en Vilnius y Trakia. Los karaítas son considerados también como una comunidad étnica. Hablan un idioma turco y utilizan el alfabeto hebreo.

La constitución permite la libertad de religión, pero el gobierno se reserva el derecho de imponer restricciones a las organizaciones religiosas con prácticas que puedan contradecir la constitución o el derecho público.