Alrededor del 50% de los malgaches son religiosos tribales tradicionales, algunos exclusivamente y otros practicando en conjunto con las creencias cristianas. Aunque hay muchas variaciones en los detalles, casi todos estos malgaches tradicionales comparten ciertas ideas religiosas básicas, la principal es la creencia en el alma y su inmortalidad. Además del todopoderoso (Andrianahary o Zanahary), se reconocen divinidades secundarias, especialmente los primeros habitantes de la isla (Vazimba), reyes y reinas legendarios y otros grandes antepasados. Los lugares de enterramiento y otros lugares de especial importancia en la vida de estas deidades secundarias son objetos de veneración y peregrinaciones, durante los cuales se realizan ritos especiales.

El cristianismo se introdujo en Madagascar a principios del siglo XIX y está influido en gran medida por las creencias tradicionales. Según un informe de principios del siglo XXI, aproximadamente el 50% de la población era nominalmente cristiana, la mayoría son católicos romanos. Los musulmanes, concentrados principalmente en el norte y noroeste, constituyen poco menos del 10% de la población. También hay un pequeño número de hindúes entre la población india.

La constitución permite la libertad de religión y este derecho es generalmente respetado en la práctica. El Consejo Malgache de Iglesias Cristianas es una organización de funcionarios católicos romanos, reformados, luteranos y anglicanos que participan en varios programas nacionales que abordan una amplia variedad de temas políticos y sociales.