Se estima que alrededor del 90% de las personas son musulmanes, y la gran mayoría son sunitas. La secta fundamentalista islámica de Dawa ha crecido en Kidal, Mopti y Bamako. El movimiento Wahabi es importante en Tombouctou. Alrededor del 5% de la población es cristiana, con una división de aproximadamente de dos tercios de católicos y un tercio de protestantes. La mayor parte del resto practica religiones indígenas. La constitución establece la libertad de religión.