El país fue creado esencialmente como una patria musulmana. Según un censo de 1998, alrededor del 96% de la población era musulmana, lo que le da a Pakistán una de las comunidades islámicas más grandes del mundo. Mientras que la mayoría de los musulmanes son de las sectas sunita y chiíta, hay algunos miembros de la secta ismaili concentrados en Karachi. Los ahmadis se consideran musulmanes, pero no aceptan a Muhammad como el último profeta; como tales, no son aceptados como ortodoxos por otros grupos musulmanes y fueron declarados oficialmente no musulmanes por el gobierno en 1974. Los zikris se consideran musulmanes pero son rechazados por los líderes sunitas porque practican ceremonias que no son comunes en el Islam.

Aunque la constitución establece la libertad religiosa, el gobierno ha impuesto restricciones a varios grupos religiosos. El Islam es la religión del estado y las acciones o discursos contrarios o despectivos al Islam son ilegales. Las minorías religiosas enfrentan una gran cantidad de hostigamiento y discriminación y han sido objeto de violencia física.