La religión del estado es el Islam, cuyos seguidores, principalmente sunníes, representan aproximadamente el 65% de la población, la mayoría de ellos viven en el norte. Como una importante estación de tránsito para peregrinos africanos que se dirigen a la Meca, Sudán sigue íntimamente vinculado con el mundo islámico. Entre los musulmanes, las cofradías religiosas (tarigat) desempeñan un papel importante en la vida sectaria y comunitaria. Las dos hermandades más populares son la Ansar, que está estrechamente relacionada con el Partido Umma, y la ​​Khatimia, que está asociada con el Partido Unionista Democrático.

Alrededor del 25% de la población son practicantes de las religiones indígenas tradicionales. Alrededor del 10% de la población son cristianos, particularmente en el sur, donde se reporta que el cristianismo está creciendo rápidamente. La mayor parte de la comunidad cristiana son profesos católicos romanos. Los cristianos griegos ortodoxos, coptos y anglicanos se encuentran en pequeñas cantidades en las ciudades. Sin embargo, hay evidencia reportada de que muchos cristianos continúan practicando elementos de las religiones indígenas tradicionales.