El cristianismo es la religión mayoritaria, practicada por aproximadamente el 75% de la población, con aproximadamente el 90% de todos los cristianos divididos de manera bastante uniforme como miembros católicos romanos o anglicanos. Otras denominaciones incluyen a los Adventistas del Séptimo Día, la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días, los Testigos de Jehová, los Bautistas, la Iglesia Ortodoxa, la Iglesia de Unificación y las Iglesias Pentecostales. Los musulmanes representan aproximadamente el 15% de la población, la mayoría son de la secta sunita. Otros practican las religiones africanas tradicionales, que son más comunes en el norte y el oeste de Uganda. También hay un pequeño número de hindúes, bahá’ís y judíos. Las creencias y costumbres tradicionales a menudo se practican en conjunto con otras confesiones establecidas.

Si bien la libertad de religión está prevista en la constitución, los gobiernos locales han impuesto restricciones a algunos grupos religiosos. Todas las organizaciones religiosas deben registrarse en el gobierno; el hecho de fallar conlleva la amenaza de un proceso penal para aquellos que practican cualquier actividad religiosa. Varias alianzas religiosas se han formado en cooperación para la paz dentro del país. Ciertas fiestas musulmanas y cristianas son oficialmente observadas.