El origen de las dos condiciones es la principal diferencia entre la enfermedad de Lyme y el lupus.
El lupus es una enfermedad autoinmune que surge como resultado de la producción de autoanticuerpos.
La enfermedad de Lyme es una enfermedad infecciosa causada por Borrelia burgdorferi.
La fiebre en la enfermedad de Lyme generalmente ocurre en la etapa temprana de la enfermedad, en cambio en el lupus la fiebre ocurre en todas las etapas de la enfermedad.