Básicamente la mejora de la nueva versión de Nintendo 3DS respecto al original son los gráficos, la mayor precisión de los controles y que el juego puede disfrutarse en 3 dimensiones.
La animación de Link se ha hecho más dinámica en Ocarina of Time 3D. Link ahora gira su cabeza para enfrentar ubicaciones / objetos de interés. Además, cuando los enemigos están cerca, Link entra automáticamente en una posición de «listo», ya sea que esté armado o no. Cuando tiene su espada desenvainada y apunta a un enemigo, Link a veces gira su espada.
Los Sheikah Stones son nuevos en la versión 3DS de Ocarina of Time; su propósito es ayudar al jugador con visiones de parte de una misión o mejora que el jugador aún no ha encontrado. Los Sheikah Stones no están en la parte Master Quest del juego.
El número que representa la cantidad de veces que perdió todos sus corazones Link no está presente en la pantalla de carga en la versión 3DS, pero se incluyó en todas las versiones anteriores.
En la versión de 3DS las Pink Fairies (The Fairy Fountains) recargan completamente tu vida, incluso si se almacenan en una botella y se usan automáticamente cuando pierdes todos tus corazones. En otras versiones, solo restauran 8 corazones cuando se usan automáticamente.
En la versión de 3DS Navi te dice que tomes un descanso de vez en cuando.
En la versión de 3DS, al dirigirse Link al Templo del Bosque por primera vez, aparece una escena al encontrarse con el Moblin gigante que vigila las escaleras de la Pradera Sagrada. Esto no estaba presente en ninguna versión anterior de Ocarina of Time.
La versión de Nintendo 3DS conserva los cambios musicales introducidos en las copias posteriores del juego original de Ocarina of Time para N64, es decir, la versión alternativa de la canción del Templo del Fuego.
En la primera versión de Ocarina of Time (N64), la sangre de Ganon era roja. Se cambió a verde en Ocarina of Time 3D.
En la versión 3DS se eliminó la sangre en el área del fondo del pozo de la aldea Kakariko. En la versión original del juego (N64), el fondo del pozo parecía una cámara de horrores, con salpicaduras de sangre y aparentes dispositivos de tortura.