Dado que la demografía religiosa ha sido eliminada de los censos del gobierno a partir de 1967, es difícil obtener estadísticas confiables sobre la afiliación religiosa. Los sociólogos y los líderes religiosos estiman que entre el 30 y el 40% de la población total son cristianos y que aproximadamente un porcentaje igual son musulmanes. Las iglesias cristianas representadas incluyen los católicos romanos, pentecostales, protestantes, adventistas del séptimo día, la Iglesia de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días y los testigos de Jehová. La mayoría de los musulmanes son sunitas, mientras que otros pertenecen a uno de varios grupos chiítas. En la isla de Zanzíbar, alrededor del 99% de los habitantes son musulmanes.

Aunque la constitución prohíbe la discriminación religiosa, muchos musulmanes creen que están en desventaja con menos representación en la administración pública, el gobierno y otras instituciones públicas.