Ambos aceites pueden diferenciarse principalmente por su apariencia física original y sus componentes, junto con sus usos en los diferentes sectores de la sociedad y el mundo.

El aceite de semilla de mostaza es la forma cruda básica del aceite de mostaza que se obtiene de las semillas de mostaza, las cuales tienen diferentes tonos de blanco amarillento a negro. El aceite de semilla de mostaza se hace de la destilación de dichas semillas y agua. El aceite es altamente concentrado y muy sabroso con un olor picante típico que se puede utilizar en gran variedad de platos y debido a sus propiedades medicinales también en masajes ayurvédicos.

Los aceites de semilla de mostaza tienen un alto contenido de ácido eúrico, lo que provoca el fuerte olor y el sabroso sabor. Este componente del aceite ha sido motivo de debate ya que hay quienes lo considera perjudicial para el consumo humano.

La Unión Europea y Canadá reconocieron las semillas de mostaza como principales alérgenos. Pero ahora, después de una larga investigación y reinvención del aceite, se considera que es saludable sin tener efectos secundarios alérgicos o dañinos. Esto puede no ser aplicable a las personas alérgicas o sensibles a las semillas de mostaza.

El aceite de mostaza extraído de las semillas de mostaza, es un tipo refinado de aceite que se encuentra en forma de filtrado. Es uno de los muchos aceites vegetales para cocinar que se utilizan principalmente en las regiones del sur de Asia.

El aceite de mostaza es una fuente rica de ácidos grasos omegAlpha3 y omegAlpha6, vitamina E y antioxidantes, es considerado como uno de los aceites más saludables. Se obtiene después de un largo proceso de refinamiento, lo que permite que el aceite esté libre de su olor y sabor acre original. Este aceite filtrado es neutro en color y sabor, y se usa ampliamente para cocinar.

El aceite de mostaza contiene un 30% de proteínas, calcio y antioxidantes naturales. Se considera muy beneficioso para la salud, reduce el riesgo de enfermedades cardiovasculares, estimula la digestión, reduce el riesgo de cáncer, antibacteriano, antifúngico, antiinflamatorio, alivia el resfriado y la tos, se usa para masajes, es bueno para la piel y el cabello, además de que alivia dolores articulares.

El aceite de semilla de mostaza tiene un olor fuerte en comparación con el aceite de mostaza refinado. Con respecto a las alergias y problemas, el aceite de semilla de mostaza puede considerarse alérgico, mientras que el aceite de mostaza filtrado no es alérgico. En la cocina, el aceite de mostaza refinado se usa más en comparación con los aceites de semilla de mostaza. Ambos, comparten la misma composición, difiriendo en su constitución y cantidad con la ausencia de algunos componentes. Son aceites conocidos por reducir los niveles de colesterol y, por lo tanto, contribuyen a la reducción de enfermedades cardíacas o coronarias.