Casi todos los malayos son musulmanes, la mayoría de los indios son hindúes, con una importante minoría de musulmanes, sikhs y parsees. La mayoría de los chinos son budistas confucianos, con una representación minoritaria musulmana. El cristianismo ha ganado algunos adeptos entre los chinos y los indios. Los pueblos indígenas de Sabah y Sarawak siguen siendo en gran parte animistas, aunque muchos se han vuelto cristianos. El chamanismo también se practica en el este de Malasia.

Según un censo del gobierno, a principios del siglo XXI, aproximadamente el 60% de la población era musulmana, el 19% budista, el 9% cristiana y el 6% hindú. Alrededor del 3% practicaba el confucianismo, el taoísmo u otras religiones tradicionales chinas. Otras religiones incluyen el animismo, el sijismo y el bahaismo.

El Islam es la religión oficial y el jefe de estado es también el líder nacional de la fe islámica. Si bien la Constitución garantiza la libertad de profesar, practicar y propagar otras religiones, en la práctica se restringen las prácticas religiosas de grupos distintos a los musulmanes sunitas. El proselitismo de los musulmanes a las religiones no musulmanas está prohibido. Ciertas fiestas cristianas, musulmanas e hindúes son reconocidas como fiestas nacionales.