Los árboles indígenas incluyen el manglar, el caucho, el cornejo, la caoba, el cedro y el nogal. El pino y el roble se encuentran en la región montañosa del norte. Variedades de frutas tropicales y numerosas plantas medicinales crecen en el país. La fauna nativa (muy reducida en las últimas décadas) incluye variedades de monos, jaguar, coyote, tapir y armadillo, junto con varios tipos de loros y varias aves migratorias. Abundan los peces, tanto de agua dulce como salada, tortugas, iguanas, cocodrilos y caimanes. Tanto las serpientes venenosas como las no venenosas, esta última incluida la boa constrictor, son comunes en El Salvador.

A principios del siglo XXI había al menos 135 especies de mamíferos, 141 especies de aves y más de 2900 especies de plantas en todo el país.